El impacto en el hábitat evalúa en qué medida las actividades pesqueras dañan o perturban el medio marino. Esto puede incluir daños de hábitats del fondo marino y disturbios en áreas de anidación o reproducción de especies marinas. Las prácticas pesqueras que minimizan el impacto en el hábitat se consideran más sostenibles.

El objetivo de este componente es que los productos del mar provengan de una pesquería que minimice la cantidad de capturas incidentales y el impacto en las poblaciones de especies protegidas, en peligro y amenazadas (incluidas las especies de recursos vulnerables). El término “captura incidental” tiene diferentes significados en diferentes jurisdicciones. Se define aquí como la mortalidad o daño relacionado con la pesquería que no forman parte de la captura retenida. Ejemplos de captura incidental incluyen los descartes, la mortalidad incidental de megafauna (por ejemplo, mamíferos marinos, aves marinas, tortugas), la mortalidad por encuentro con el equipo y la pesca fantasma.

Todos los descartes, incluidos aquellos liberados con vida, se consideran captura incidental a menos que haya evidencia científica sólida de una alta supervivencia después de la liberación. La metodología evalúa el riesgo de captura incidental para dos dimensiones que se puntúan de manera independiente entre sí: el porcentaje de cantidad de capturas incidentales en peso y el impacto en las poblaciones de especies en Peligro, Amenazadas y Protegidas (ETP).